Koitsanlahti lahjoitettiin vuonna 1652 sotamarsalkka ja kreivi Arvid Wittenbergille, jonka suvun hallussa se oli 1680 toteutettuun läänitysten kruunulle palauttamiseen saakka. Läänityksen keskus sijaitsi Koitsanlahdessa samalla paikalla, jonne Kustaa II Adolf oli perustanut latokartanon 1600-luvun alussa. Koitsanlahden lahjoitusmaakauden jatkuessa kruunu vuokrasi sen 1801 valtioneuvos Christopher Kniperille, joka puolestaan vuokrasi sen edelleen. Olot vakiintuivat 1823, jolloin kruunu vuokrasi Koitsanlahden hovin 25 vuodeksi majuri Jacob Fredrik Lagervallille. Hovin päärakennus on peräisin tältä ajalta. Lagervallin vuokra-ajan pidennyksen päättyessä juhannuksena 1858 myös Koitsanlahden päivätyöt lakkautettiin senaatin päätöksellä. Senaatin päätös merkitsi lahjoitusmaakauden loppumista, joskin vasta torpparivapautuksesta säädetty laki 1919 teki Koitsanlahden talonpojista itsenäisiä viljelijöitä.
Koitsanlahden hovi ympäröivine peltoineen oli valtion omistuksessa vuokrattuna agronomi Jarl af Björkstenille ja sittemmin tämän leskelle vuoteen 1945. Sodan jälkeen hovin pellot jaettiin siirtoväelle, ja päärakennukseen sijoitettiin Parikkalan mieskotiteollisuuskoulu.
1950-luvun jälkipuoliskolla Koitsanlahden museohankkeessa ajankohdan kaunokirjallisuus lisäsi kiinnostusta lahjoitusmaita kohtaan. Historiallisten romaanien kirjoittaja Lempi Jääskeläinen julkaisi kaksi Koitsanlahteen sijoittuvaa romaania Hovin vallatja Talonpoika ja hovinherra. Joulukuussa 1960 maatalousministeriö teki päätöksen Koitsanlahden hovin vuokraamisesta Etelä-Karjalan maakuntaliitolle. Alueen kunnat ja maakuntaliitto perustivat lahjoitusmaamuseolautakunnan pohtimaan museon toiminta-ajatusta. Vuonna 1962 pidettiin Rakennushallituksen, Muinaistieteellisen toimikunnan, maakuntaliiton ja Parikkalan kunnan edustajien kanssa Koitsanlahden hovin kuntotarkastus ja laadittiin korjaus- ja entistämissuunnitelma. Kokouksessa vahvistettiin myös lahjoitusmaamuseon toiminta-ajatus.
Suunnitelman mukaisesti Koitsanlahdesta tuli ”lahjoitusmaahovimuseo”, jonka viidessä huoneessa esiteltiin kartanokulttuuria ja kolmessa paikallista kotiseutuhistoriaa. Yhteen paikallishistoriaa käsittelevään huoneeseen pystytettiin Koitsanlahden hovin vaiheita esittelevä valokuva- ja asiakirjanäyttely, ja toisesta tuli kirjailija Lempi Jääskeläisen muistohuone, jonne sijoitettiin muun muassa hänen kahden lahjoitusmaaromaaninsa käsikirjoitukset ynnä muuta kirjailijan henkilökohtaista esineistöä. Koitsanlahteen ei ollut jäänyt hovinhoitajan työpöytää ja ruokasalin astiakaappia lukuun ottamatta omaa esineistöä. Hovin hoitajat olivat olleet usein vaihtuvaa väkeä, joka oli yleensä vienyt irtaimistonsa mukanaan. Interiöörit rakennettiin esineistöllä, jolla ei ollut historiallista yhteyttä lahjoitusmaiden kanssa. Esineistö siirrettiin Koitsanlahteen Kansallismuseon kokoelmista.
Museo avattiin heinäkuun alussa 1966. Ensimmäisen suositun vuoden jälkeen kävijämäärät laskivat kuitenkin jatkuvasti, ja 1970-luvun lopulla museolautakunta totesi, ettei Koitsanlahti voinut menestyä ilman museoammatillista osaamista. Vuonna 1984 Etelä-Karjalan maakuntaliitto ja alueen kunnat esittivät opetusministeriölle, että Museovirasto ottaisi vastattavakseen lahjoitusmaamuseon hoito- ja ylläpitovelvoitteet. Vuonna 1987 Koitsanlahden Hovi siirtyi Museovirastolle.
Säännöllisen museotoiminnan ylläpitäminen Koitsanlahden hovissa osoittautui Museoviraston mukaan vaikeaksi. Museovirasto lopetti museotoiminnan Koitsanlahden hovissa 1991, jonka jälkeen siellä on järjestetty lähinnä pienimuotoisia kesänäyttelyitä. Esineistö siirrettiin takaisin Kansallismuseon ja Parikkalan kunnan varastoihin.
Hovin ja sitä ympäröivän maisema-alueen kunnosta huolehditaan Museoviraston muinaisjäännösten hoitoyksikön ja rakennushistorian osaston toimesta. Ympäristönhoitotöitä on tehty koko 1990-luvun ajan. Vuosittain on palkattu henkilö noin puoleksi vuodeksi tekemään Koitsanlahden alueella maisemanhoitotöitä. Koko rantaan vievä rinne on raivattu ja hoidettu.
Laiduntamisella pidetään yllä tiettyä hoitotasoa ja sitä varten on rakennettu aidat. Naapuritilan karja laiduntaa hovin alueella. Lähipihapiiri on niitetty säännöllisesti joka kesä. Päärakennuksen katto on korjattu, maalauskorjauksia on tehty sisällä ja ulkona. Paikan kunto on tyydyttävä. Viimeinen tarkastuskäynti tehtiin myöhään syksyllä 2001. Ympäristönhoitotyöt jatkuvat tulevana kesänä. Rakennuksen akuutit viat korjataan. Alueella oleva nk. Piiskauspetäjä suojataan karjalta aitauksella.
Hovin käyttöä on pohdittu koko 1990-luvun ajan. Museoviraston, Parikkalan kunnan, Etelä-Karjalan liiton ja Etelä-Karjalan museon käynnistämä selvitystyö hovin kehittämismahdollisuuksista valmistui vuoden 2000 lopussa. Museotoimintaa ei hovissa katsottu ainoaksi sopivaksi käyttötavaksi, varsinkin kun Koitsanlahden rakennuksiin ei liity omaa irtaimistoa eikä museokokoelmia.
Koitsanlahti on ensisijaisesti kulttuurihistoriallisesti merkittävä kohde ja historiallinen paikka. Museovirasto on etsimässä Koitsanlahden hoville rakennuksen ja ympäristön kulttuurihistoriallisia arvoja kunnioittavaa ulkopuolista vuokraajaa. Käyttötarkoituksen tarkennuttua tullaan suunnittelemaan sen pohjalta tarvittavat rakennuksen kunnostusyöt.