Maatilavarastojen osuus viljan varastoissa olevista määristä on viime vuosina kasvanut viljelijöiden pyrkiessä entistä paremmin varautumaan viljamarkkinoiden muutoksiin. Markkinalähtöisestä viljan varastoinnista tiloilla on siten tullut osa maatilan toimintaa. Maa- ja metsätalousministeriön tietopalvelu Tiken viljataseen mukaan maatilavarastojen suuruus on ollut vuosittain noin 500—700 miljoonaa kiloa. Määrä on nykyisellään jopa suurempi kuin varmuusvarastoissa oleva vilja. Maatilojen, teollisuuden ja varmuusvarastoinnin yhteenlaskettu vuosittainen varastomäärä on markkinakauden lopussakin, varastojen ollessa alhaisimmillaan, noin 1 500—1 600 miljoonaa kiloa.
Viljan varmuusvarastointi hoidetaan nykyisellään teollisuuden ja viljakaupan operaattoreiden kesken tehdyillä hoitosopimuksilla, jossa sopimuskumppanit vastaavat varastoitavan viljan varastoinnista ja varaston kierrätyksestä. Viljan varmuusvarastoinnin suuresta määrästä johtuen on otettava huomioon varastoinnin riittävä hajautus, varastoyksiköiden riittävä koko ja kierrätettävyys, teollisuuden ja viljakaupan logistiikka sekä varastoijan taloudellinen tilanne.
Viljan maatilavarastointi on ollut esillä nykyisen järjestelmän täydennykseksi, mutta vaihtoehto on todettu hallinnoitavuuden ja kontrolloinnin kannalta hankalaksi. Sopimusmäärät ja varastopaikat valitaan kilpailutuksen kautta. Maatilojen varastotilat olisi todettava asianmukaisiksi viljan pitkäaikaiseen varastointiin. Varastointisopimuksia tehtäessä jokainen varastoon menevä viljaerä tulee punnita ja analysoida sen varmistamiseksi, että asetetut laatukriteerit täyttyvät. Varastot on myös tarkistettava säännöllisin väliajoin, että sopimusehdot täyttyvät edelleen. Kaikki nämä toimet edellyttävät huoltovarmuusviranomaisen paikalla suorittamia käyntejä, joihin ei tällä hetkellä ole olemassa henkilöresursseja. Elintarvikekäyttöön varastoitavan viljan laatukriteerit ovat siksi korkeat, että kauppakelpoisen laadun tuottaminen tilatasolla on vuotuisista satovaihteluista johtuen vaikeaa. Viljelijä joutuisi tilan oman tuotannon ohella käymään viljakauppaa laadun tasaamiseksi. Varastoitaessa noin vuoden elintarvikekäyttöä vastaava määrä viljaa, on hajauttamisen ohella varastointiyksikkö pidettävä riittävän suurena. Varmuusvarastojen hallittavuuden varmistamiseksi niitä ei voi olla lukumäärältään liian montaa. Käytännössä pienin mahdollinen yksikön koko on 1 000 tonnia/viljalaji. Varastoinnin riittävä seuranta ja valvonta, sekä mahdollisten purkutilanteiden hallinta edellyttää varastointia niin suurissa yksiköissä, että varastopaikkojen ja varastoijien lukumäärä on hallittavissa. Voidakseen kierrättää suuria viljamääriä on varastoijalla lisäksi oltava käytössään huomattavasti enemmän varastotilaa ja volyymiä kuin mitä varmuusvarastointisopimus edellyttää. Varastoissa olevan viljan määrän ja laadun tulee olla koko ajan sopimuksen mukainen ml. kierrätystilanteet. Tilamittakaavassa tämä olisi hyvin harvoissa tapauksissa mahdollista.
Siemenviljan varastointivolyymit ovat merkittävästi leipäviljan varmuusvarastoja pienemmät. Siemenviljan osalta onkin tilavarastointia kyetty järjestämään tehokkaasti ja huomattava osa sertifioidun siemenviljan varmuusvarastoista sijaitsee maatiloilla olevissa varastotiloissa. Valtakunnallisesti toimiviksi organisaatioiksi järjestäytyneet tilapakkaamot kykenevät sopimuspohjaisesti hallinnoimaan siemenviljan varastointia ja kierrätystä. Sopimuksia ei tällöinkään tehdä suoraan yksittäisen tilapakkaamon kanssa. Varastot ovat myös lähellä loppukäyttäjää toisin kuin käyttöviljan tilavarastoinnissa olisi.
Tilalla varastoitava vilja on Huoltovarmuuskeskuksen omaisuutta, eikä viljelijä voi sitä tällöin omalla päätöksellään myydä vaikka markkinatilanne olisi siihen suotuisa. Viljelijällä on lisäksi velvollisuus tehdä kierrätystoimia huoltovarmuusviljan laadun takaamiseksi.
Huoltovarmuuden kannalta nykyinen varastointimalli on riittävä. Viljelijöiden varautumista viljamarkkinoiden muutoksiin voidaan tukea varastojen investointiavustuksin, jolloin varastojen rakentaminen ja viljan varastoiminen on markkinalähtöistä ja viljelijän kannalta taloudellisempi vaihtoehto.