Ympäristöministeriöllä on tehtävänsä luonteen vuoksi tehtäviä, jotka sivuavat paitsi maa- ja metsätalousministeriön myös työ- ja elinkeinoministeriön, liikenne- ja viestintäministeriön, ulkoasiainministeriön, opetus- ja kulttuuriministeriön, puolustusministeriön ja sisäasiainministeriön tehtäviä. Maa- ja metsätalousministeriö on toki monessa asiassa ympäristöministeriön tärkein yhteistyökumppani, mutta päällekkäisyyksiä työnjaossa ei ole. Kukin ministeriö vastaa sektorivastuun periaatteella omalta osaltaan ympäristöpolitiikasta, mutta kokonaisvastuu ympäristöpolitiikan lainsäädännöstä, hallinnosta, kansainvälisestä yhteistyöstä ja strategisesta kehittämisestä on ympäristöministeriöllä. Itsenäisen ministeriön olemassaolo on äärimmäisen tärkeää, sillä ympäristöpolitiikan sisällyttäminen yksin esimerkiksi tiettyjen elinkeinojen edistämistehtävistä vastaavaan ministeriöön aiheuttaisi vakavan uskottavuusongelman.
Kysymyksessä mainitut tehtävät eivät koske yksinomaan maa- ja metsätalouden elinkeinoja, joiden edistäminen on maa- ja metsätalousministeriön tehtävänä. Vaikka maa- ja metsätalous ovat merkittäviä vesistöjemme kuormittajia, koskettaa ympäristöministeriön vesien- ja mertensuojelutyö myös laajasti muita sektoreita ja pitää sisällään muun tyyppisiä tehtäviä. Vesiensuojelutehtävät käsittelevät muun muassa teollisuutta, muuta yritystoimintaa, yhdyskuntia sekä haja- ja loma-asutusta. Mertensuojelutehtäviin kuuluvat esimerkiksi kansainväliset meri- ja luonnonsuojelusopimukset, merenkulun ympäristönsuojelu, öljyn ja kemikaalien torjunta, merellinen aluesuunnittelu, Venäjä-hankeyhteistyö sekä muu Itämeren ja arktisen alueen mertensuojeluyhteistyö.
Hyvin merkittävä osa ympäristöön ja luonnonvarojen käyttöön liittyvistä asioista liittyy teollisuuteen, liikenteeseen, energiantuotantoon, yhdyskuntarakenteeseen ja infrastruktuuriin. Nämä eivät määrity maa- ja metsätaloudesta eikä Suomen kaltaisessa jälkiteollisessa yhteiskunnassa ole mieltä yhdistää ympäristöpoliittista päätöksenteon valmistelua ja alkutuotannon elinkeinojen edistämistä samaan ministeriöön. Uusiutuvien luonnonvarojen ympäristöohjauksen vaikuttavuus on Suomessa korkealla kansainvälisellä tasolla ja se perustuu hyvään yhteistyöhön ympäristöministeriön ja maa- ja metsätalousministeriön välillä, maa- ja metsätalousministeriön sektorivastuuseen sekä laajaan yhteistyöhön.
Ympäristö- ja maa- ja metsätalousministeriöillä on tiivistä yhteistyötä vesiensuojelu- ja vesivaratehtävissä. Pohjavesien suojelusta vastaa ympäristöministeriö ja pohjavesien kestävästä käytöstä maa- ja metsätalousministeriö. Yhdyskuntien ja haja-asutuksen vesihuollon järjestämisessä, hydrologisten palvelujen ylläpidossa sekä vesistöjen kunnostusten ohjauksessa molemmilla ministeriöillä on tehtäviä. Ympäristöministeriön vastuulla olevassa vesienhoidonsuunnittelussa on liittymäkohtia maa- ja metsätalousministeriön vastuulla olevaan tulvariskien hallintaan. Kansainvälisessä vesiin liittyvässä yhteistyössä molemmat ministeriöt ovat aktiivisia muun muassa rajavesiyhteistyössä sekä vesivaroihin ja vesiluonnon monimuotoisuuteen kuuluvissa asioissa.
Ministeriöt vastaavat kukin osaltaan niille asetettujen tuottavuustavoitteiden saavuttamisesta. Tehtävien siirtäminen paikasta toiseen vaikuttaa hyvin vähän henkilölukuun perustuviin tavoitteisiin. Tehtävien siirtoon liittyvät, edellä esitetyt haitat vaarantaisivat vakavasti koko ympäristöpolitiikan uskottavuuden ja vaikuttavuuden niin kansallisesti kuin kansainvälisestikin.
Ympäristöministeriö katsoo kuitenkin, että eräiden yksittäisten tehtävien oikeasta sijoituspaikasta voidaan keskustella hallitusohjelmaa kirjattaessa sekä ministeriöiden toimivaltaa koskevissa neuvotteluissa seuraavaa hallitusta muodostettaessa.